1961 yılında Balkan Ülkeleri olan Arnavutluk, Bulgaristan, Yunanistan, Romanya, Türkiye ve Yugoslavya, Balkan Kupası’nı düzenleme kararı alırlar. Grup aşamasındaki ligi 13 puanla tamamlayan Romanya takımı Styagul Roshu Brasov, kupanın sahibi olurken ikinci sırayı Bulgaristan temsilcisi Levski Sofya elde eder. Turnuva o kadar popüler hale gelir ki 1967 yılında Fenerbahçe ile AEK Atina arasındaki final maçını 42,000 taraftar izler.

1989 ve 1990 yılları arasında Romanya’da devrim nediyle Kupa maçları yapılmıyor.

1991 ve 1992 yıllarında Kupa ya ilk defa katılan Sarıyer 1.0 ve rövanş maçında 0-0 olarak 92 yılı şampiyonu oluyor.

1993-1994 yılına gelindiğinde, Avrupa Ligi’ne (UEFA Kupası) daha fazla Balkan takımının katılmasının da etkisiyle Balkan Kupası’nın iptal edilmesine karar verilir. Son şampiyonluk maçında Samsunspor, Yunan takımı PAS Giannina’yı 2-0 ve 3-0’lık skorlarla yenerek kupayı kazanır. Hatta şu an Samsunspor’un efsanesi  Ertuğrul Sağlam, son golü atan isim olur.

1961 yılından 1994 yılına kadar 28 kez düzenlenen turnuvayı, Beroe Stara Zagora takımı 4 kez kazanarak önemli bir başarıya imza atıyor. Diğer kazanan takımlar arasında ise çeşitli Balkan ülkelerinden gelen farklı ekipler bulunmaktadır.